Nadrzędnym celem działalności Polskiego Towarzystwa Fykologicznego jest integracja środowiska badaczy glonów z Polski i Europy oraz popularyzacja wiedzy o sinicach i glonach. Od 2007 roku wszyscy członkowie Polskiego Towarzystwa Fykologicznego należą do Federacji Europejskich Towarzystw Fykologicznych (Federation of European Phycological Societies – FEPS). Polskie Towarzystwo Fykologiczne jest jednym z siedmiu narodowych towarzystw europejskich, które przyczyniły się do utworzenia FEPS. Miało to miejsce 27 lipca 2007 roku w Oviedo (Hiszpania).
Miejscem wymiany myśli naukowej i prezentacji osiągnięć badawczych są organizowane corocznie Międzynarodowe Konferencje Polskiego Towarzystwa Fykologicznego.